1961年根据云南省档案局的要求，档案室将整理保管的解放前西南联合大学和昆明师范学院两个全宗计318卷（其中西南联大221卷）移交给省档案馆保存。

档案馆现有四个全宗，共有档案38419卷，照片档案3000张。全宗包括党群、行政、教学、科研、基建、仪器设备、外事、出版、财会、声像、电子、实物、人物等13个门类的档案。

一全宗档案，起止年代为1938年-1998年。包括1998年及以前云南师范大学、昆明师范学院时期的党群、行政、教学、科研、基建、仪器设备、外事、出版、财会、声像等10个门类的档案共计7268卷，照片档案1300张。1961年，根据云南省档案局的要求，昆明师范学院将整理保管的解放前西南联合大学和昆明师范学院两个全宗计318卷移交给省档案馆保存。

二全宗档案，起止年代为1954年-1998年，包括1998年及以前云南教育学院时期的党群、行政、教学、科研、基建、仪器设备、外事、出版、财会、声像、电子等11个门类的档案共3382卷，照片档案800张。

三全宗档案，为云南师范大学1999年及以后形成的档案，包括党群、行政、教学、科研、基建、仪器设备、外事、出版、财会、声像、电子、实物、人物等13个门类。

四全宗档案，起止年代为1979-2000年，包括2000年及以前云南银行学校时期的党群、行政、教学、基建、财会等档案。

2001年以来，档案馆加快了档案管理现代化步伐，馆内使用了网络版档案管理软件。全宗已采用计算机网络技术建立了档案目录数据库，现已录入党群、行政、教学、科研、基建、仪器设备、外事、出版、财会、声像、电子、实物、人物等门类档案38419卷，机读目录178051条。检索工具分为手工检索和计算机检索两大类，为档案的利用提供了便捷的检索途径，提高了档案的利用率。丰富的馆藏和完备的检索工具，为进一步实现馆藏数字化、利用网络化、办公自动化奠定了基础。同时，档案馆依托学校校园网已建立了面向社会、服务学校的档案馆网页，宣传档案的有关法律法规知识、开展档案业务指导。档案馆将逐步实现档案的规范化、标准化、现代化管理。